医学科学大设施 (CORE FACILITIES) 是瓯江实验室重要的公共服务平台，负责瓯江实验室科研技术共享平台的建设和管理，承担大型科学仪器设施的开放共享和方法学研究，为科研及成果转化提供技术支撑服务，促进重大科研成果产出。下设：多模态眼脑解析平台、跨尺度光学分析平台、流式细胞分析平台、物质结构表征平台、高通量组学研究平台、创新药物研发平台、医学影像研究平台和生物资源平台8大平台。 医学科学大设施拟组建一支稳定的专业技术队伍，现有人员16人，全部为硕士及以上学历，具备一定的专业技术支持能力。以开展优质服务为宗旨，力争最大限度地为瓯江实验室和社会提供高效规范的技术服务。